Jouko Lönnqvist valmistui lääketieteen lisensiaatiksi 1968, sai psykiatrian erikoislääkärin oikeudet 1974, väitteli tohtoriksi 1977 ja sai samana vuonna dosentin arvonimen. Näinä vuosina hän opiskeli myös psykoterapeutiksi ja ryhmäpsykoanalyytikoksi. Jouko Lönnqvist on työskennellyt uransa aikana mm. Lapinlahden sairaalassa 1968–1977, Helsingin yliopiston psykiatrian apulaisprofessorina 1978–1986 ja professorina 2004–2011, Kansanterveyslaitoksen tutkimusprofessorina ja Mielenterveysosaston johtajana 1986–2008, sosiaalipsykiatrian professorina Tampereen yliopistossa 2001–2004 sekä Terveyden- ja hyvinvoinnin laitoksen Mielenterveys- ja päihdepalveluiden osastonjohtajana 2009–2011.

Epidemiologisessa ja sosiaalipsykiatrisessa väitöskirjassaan Jouko Lönnqvist tutki Helsingissä tapahtuneita itsemurhia vuosina 1960-1961 ja 1970-1971. Hänen myöhemmässäkin tutkimustyössään itsetuhokäyttäytymisen ja itsemurhien ehkäisyä koskeva tutkimus on ollut merkittävä painopistealue. Hän käynnisti ja johti laajaa kansallista itsemurhien ehkäisyprojektia ”Itsemurhat Suomessa 1987”. Hänen tutkimustyönsä muita painopistealueita ovat olleet vakavat mielenterveyshäiriöt ja mielenterveystutkimuksen edistäminen. Jouko Lönnqvistin tutkimustyötä luonnehtii laaja kansallinen ja kansainvälinen verkostoituminen. Hän on toiminut lukuisissa laajoissa erityisesti itsetuhoisuutta ja vakavia mielenterveyden häiriötä koskevissa kotimaisissa ja kansanvälisissä yhteistyöhankkeissa, ja sekä ohjannut että johtanut lukuisia tieteellisiä projekteja. Jouko Lönnqvist on ohjannut 40 väitöskirjaa, toiminut lukuisten väitöskirjojen esitarkastajana ja vastaväittäjänä. Hän on saanut useita sekä kansallisia että kansainvälisiä palkintoja ja tunnustuksia paitsi tutkimustyöstä myös tutkimuksen ohjaajana toimimisesta. Nuoret tutkijat ovat aina kokeneet Jouko Lönnqvistin tukevaksi ja kannustavaksi.

Jouko Lönnqvist on kirjoittajana yli 560 vertaisarvioidussa kansainvälisessä tieteellisessä artikkelissa. Hän on tutkijana erittäin laajasti siteerattu (Scopus 6.10.: 59 138 sitaatiota, Hirsch-indeksi 111) ja on yksi maamme tuotteliaimmista tutkijoista lääketieteen alalla. Lisäksi hän on julkaissut kymmeniä kansallisten ja kansainvälisten oppikirjojen lukuja ja on jo klassikoksi muodostuneen ”Psykiatria” oppikirjan päätoimittaja.

Tutkimustyön ohella Jouko Lönnqvist on toiminut lukuisten kansallisten ja kansainvälisten tieteellisten ja ammatillisten yhdistysten ja säätiöiden johto- ja luottamustehtävissä. Suomen Akatemiassa Jouko Lönnqvist on toiminut useiden työryhmien jäsenenä ja puheenjohtajana. Hän on myös työskennellyt useiden kansallisten ja kansainvälisten tieteellisten lehtien toimittajana.

Laajojen verkostojensa ja perinpohjaisen asiantuntijuuden myötä Jouko Lönnqvist on kysytty psykiatrian ja mielenterveyden asiantuntija. Sosiaali- ja terveysministeriö on työllistänyt häntä monien mielenterveyttä ja päihteiden käyttöä koskevien työryhmien jäsenenä ja puheenjohtajana. Hän on ollut myös Euroopan neuvoston psykiatriaa, mielenterveyttä ja ihmisoikeuksia koskeneiden komiteoiden jäsen. Jouko Lönnqvistin asiantuntijatyössä painottuvat organisaatioiden toiminnan ja johtamisen arviointi ja kehittäminen, terveyspalveluiden kehittäminen sekä mielenterveyden hoitojen ja hoitojärjestelmien kehittäminen. Hän on kysytty kouluttaja, konsultoija ja työnohjaaja.

Jouko Lönnqvist on poikkeuksellisen laaja-alaisella osaamisellaan ja määrätietoisella toiminnallaan luotsannut suomalaisen psykiatrian kehitystä ja ollut mukana nostamassa sen kansainväliselle tasolle. Leimallista on ollut Jouko Lönnqvistin visionäärisyys ja kyky nähdä kokonaisuuksia, oli kysymys sitten geneettisestä tutkimuksesta tai palvelujärjestelmän kehittämisestä.